玩家们在攻略每个海域时，先要进行城镇探索，每个城镇在地图上有相应的位置，在发现城镇后可以与该城镇进行合约并获得占有率，其后可通过商业和军事投资来提升该城镇的发展度和武装度。
在不同的城镇之间可以进行贸易，游戏中各海域城镇都有当地的特色商品并且还原度很高，比如中国的茶叶，非洲的黄金，欧洲的大炮等等。
商品分为1-5级，有时也会带有星级。不同等级的商品可以获得不同的利润。另外还可以在城镇广场上分发交易品来制造流行商品，贸易流行商品是会增加该城镇的占有率的。
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而随着游戏剧情的深入，玩家们避免不了与各大势力开战。海战也是大航海时代4的重点玩法。游戏中舰船的种类非常丰富也各具特色，东方的中国帆船，阿拉伯的三角帆船，以及欧洲的西班牙帆船甚至战列舰等等，各种战船的外观还原度也非常高。
舰船内船舱，船帆以及炮台都可以自行进行改造，各种船舱各有其功能，而加强版游戏中允许玩家们自行登陆自己的甲板进行人物配置。
游戏中玩家们可以在全世界招募各式各样的海员，并让他们在自己的舰队中协助主角完成梦想。
在航海操作方面，加入了风帆操作，玩家们需要时刻调整帆的角度来保持最高航速。
