玩法设计方面游戏更是在继承前作优点的基础上，额外增加了不少丰富有趣的内容与元素，除去前作中的法宝、护驾等功能得到进一步的加强，更是首次增加类似电子宠物般的符鬼系统，玩家可以利用炼妖壶捕捉到的妖魔来对它进行投喂，除了能提升符鬼的各项基本属性以外，还能从中学习到不同种类的五行术技能，如果搭配得当的话，这些小可爱甚至还能在战斗中起到决定胜负的作用，让游戏可以玩出“中国宝可梦”的感觉。
另一方面《轩辕剑：天之痕》还在许多意想不到的地方埋藏了大量的彩蛋，比如从某款作品穿越过来的蓝格怪衣，东莱附近两次恰好路过的小青蛙，水井下那个别有洞天的加班工作室，以及某只剧情boss让人哭笑不得的吐槽方式，如果玩家想要触发这些隐藏要素的话，除了要像某些日式RPG一样来一场地毯式搜索，同时还要在战斗过程、地图场景乃至人物对白中留意其中的蛛丝马迹，这些十分用心的内容与细节，令不少玩家在通关不止一次以后，也依然能在游戏中找到许多深入探索的乐趣。
FC游戏站，《轩辕剑：天之痕》背后的故事" class='scrollLoading' width='640' height = '480' src='/d/file/uploads/allimg/c191217/15L5S60NK10-91344.jpg'>
随着的故事逐渐走向尾声，游戏剧情却突然发生了180度的反转，不善言辞的小雪选择了与众人不辞而别，了解到事情真相欲啊玉儿却惨遭宁珂郡主的毒手，在伏羲神殿里，当小雪得知自己的牺牲能够换来玉儿的复活，游戏也在此刻迎来最艰难的抉择，在结局的选择上，由于玉儿线完整交代了其他人物的去向，因此也被玩家们视为官方钦定的标准结局，但实际上DOMO小组最初由于赶工的原因，一度只采用“如忆玉儿”的单线设定，也就是游戏中的小雪结局，后来发现还有剩余的开发时间，才继续制作另一个分支，并在此基础上增加结尾图片CG，所以玉儿线才会显得比较完整。
